לילה אחד חודר גנב למעבדתו של דוקטור עמנואל מרגוליס, השוקד לשים קץ לכל מכאובי הלב והנפש של האנושות, וגונב תרופה שנועדה לרפא את אשתו המאושפזת בבית-חולים פסיכיאטרי. האחים יונתן ואֵלָה מרגוליס עוקבים אחרי הגנב ומגיעים לעולם של בבל - ממלכה מופלאה שבה כישוף ומדע, שדים ומכונות, מתערבים זה בזה. על בבל מפיל את חיתתו מסדר הנלחם בנגע איום - מגפת הכתמים האפלים שמקורה בתהום האורבת במים שמתחת לאדמה. בממלכה נפוצה שמועה על הגחתו של כוח חדש ומסתורי המכונה "הלווייתן". אט-אט מתבררים ליונתן ולאֵלָה מקומם ותפקידם בסדר הדברים.
ביצירת פנטזיה אפית מקורית ונועזת, השואלת מוטיבים מן המיתולוגיה היהודית, הבבלית, השומרית והאכדית ומזקקת מהם יקום והיסטוריה חדשים ומסעירים, מגוללת הגר ינאי את קורותיהם של יונתן ואֵלָה, של הלל בן שחר המורד ויורשת העצר נין-אוּרמוּז, במלחמתם לחופש, לאנושיות ולהגדרה עצמית.
הלווייתן מבבל הוא חלקו הראשון של סיפור עלילה רחב יריעה.
זהו ספרה השלישי של הגר ינאי המועמדת לפרס ספיר 2006 על ספרה השני, מכונת הנצח של אלכס